علی مطهری در یادداشتی به کشتار علویان سوریه توسط تکفیری‌ها واکنش نشان داده و سکوت جهان اسلام را در مقابل این جنایت، به جز اعتراضات مردم ترکیه و رهبر انصارالله یمن، مورد انتقاد قرار داده است. او خواستار انجام مطالعات روانشناختی و جامعه‌شناختی درباره ریشه‌های این خشونت و نقش احتمالی اسرائیل و آمریکا شده است.