خاتمی در پیامی ضمن ابراز تأسف از حادثه انفجار بندر شهید رجایی و همدردی با خانواده‌های قربانیان، این حادثه را فاجعه‌ای با خسارات سنگین اقتصادی و انسانی توصیف کرد. وی خواستار بررسی دقیق علل و عوامل حادثه شده و تأکید کرد که مدیریت پیامدهای آن نیازمند تدبیر، تعهد و همبستگی ملی است.