خاتمی در پیامی ضمن ابراز تأسف از حادثه انفجار بندر شهید رجایی و همدردی با خانواده‌های قربانیان، این حادثه را فاجعه‌ای با خسارات سنگین اقتصادی و انسانی توصیف کرد. وی خواستار بررسی دقیق علل و عوامل حادثه شده و تأکید کرد که مدیریت پیامدهای آن نیازمند تدبیر، تعهد و همبستگی ملی است.
انفجاری در تاریخ ۶ اردیبهشت ۱۴۰۴ در بندر شهید رجایی بندرعباس رخ داد که ۲۵ کشته، ۶ مفقود و ۸۰۰ مجروح بر جا گذاشت. وزیر راه و شهرسازی اعلام کرد تنها یکی از پهنه‌های بندر آسیب دیده و سایر بخش‌ها فعال هستند. از ۲۳ اسکله بندر، فقط یک اسکله خسارت دیده و عملیات تخلیه و بارگیری موقتاً متوقف شده است.
انفجار شدید در بندر شهید رجایی ناشی از یک مخزن سوخت باعث تخریب یک ساختمان اداری و آسیب به خودروها شد. تاکنون ۴۷ مصدوم به بیمارستان‌ها منتقل شده‌اند. اطلاعیه شرکت ملی پالایش نفت تأکید کرد این حادثه ارتباطی با تأسیسات نفتی نداشته است. فعالیت‌های بندر متوقف شده و نیروهای امدادی در حال رسیدگی هستند.